Tras el Paleolítico, como período cronológico, surge la Prehistoria Reciente. El paso de transición entre uno y otro está marcado por el Epipaleolítico. Este período ha sido reconocido documentalmente, según versión de un arqueólogo que estuvo presente en las excavaciones, a través de su escaso material lítico excavado en la Cueva de la Carihuela aunque, de momento, sigue inédito, por lo que no existen datos científicos suficientes como para establecer una relación contextual entre este material lítico y el yacimiento en cuestión.

Por el contrario, el Neolítico desde una época muy temprana ha estado muy bien representado en cuanto a su cultura material, tanto en la Cueva de la Carihuela como en la Cueva de las Ventanas. Ésto nos da una información muy valiosa sobre el proceso ocupacional de la zona. Se tiene constancia, por la existencia de una abundante cantidad de cerámica con impresión cardial, de que ambas cuevas fueron ocupadas simultáneamente y desde el inicio del Neolítico. La Cueva de la Carihuela fue usada como lugar de hábitat al igual que la Cueva de las Ventanas, aunque esta última, además, fue usada como lugar en el que se practicaban ritos funerarios depositando a los difuntos sobre el suelo del interior de la cueva, por lo que tuvo un uso dual con relación a la dicotomía vida-muerte a lo largo de todo el período Neolítico.

Del período de la Edad del Cobre se sabe que ambas cuevas dejaron de ser espacios de habitación, aunque no se descarta que tuvieran un uso esporádico como refugio temporal. Lo que sí es cierto es que las salas interiores de las dos cuevas fueron utilizadas con fines funerarios en las que a través de ritos funerarios se depositaban a los difuntos sobre el suelo o bien se les realizaba un enterramiento incipiente en alguna de las oquedades que poseen las dos cuevas. Durante bastante tiempo se pensaba que el poblado calcolítico se situaba en el paraje denominado Haza de Ocón justo delante de la entrada a la Cueva de las Ventanas, aunque estudios recientes lo sitúan en la parte superior del escarpe. De este período tenemos representaciones artísticas en forma de pinturas rupestre en Cueva Meye, una cavidad cercana a la Cueva de las Ventanas.

Del período de la Edad del Bronce las pautas de comportamiento con relación a la ocupación de las cavidades siguen manteniendo una constante, ya que son utilizadas únicamente como lugar de culto funerario como así lo demuestran los restos encontrados en Carihuela VI o en el enterramiento con ajuar funerario excavado justo al final de la Cuesta de la Lluvia en la Cueva de las Ventanas fechado por Carbono 14 en el año 1.400 +- 90 a.C. en el Bronce Pleno.

En definitiva, vemos como, según van sedentarizándose las diferentes culturas prehistóricas, el uso de la Cueva va cambiando y pasa de ser un lugar de habitación a un lugar de uso funerario.